我国农业生物技术经过20年发展，已经跃居世界先进水平，增强了我国农业新兴生物产业的国际竞争能力，对我国现代农业高新技术的研究与应用发挥了重要的示范带头作用。
　　20世纪80年代，以生物技术等高技术为中心的科技革命浪潮席卷全球，在国际经济、社会、文化、政治、军事等各方面引起了深刻的变革，生物技术及其产业已成为国际竞争的焦点。1986年，农业部党组、中国农业科学院党组高瞻远瞩，决定整合当时设在中国农科院相关研究所的研究力量，由范云六、贾士荣等杰出科学家领衔，成立了我国第一个专门从事农业生物技术研究的“中国农业科学院生物技术研究中心”。1999年经中央机构编制委员会批准正式更名为“中国农业科学院生物技术研究所”。
　　20年来，研究所始终紧紧围绕高产、优质、高效和可持续农业发展的国家重大需求，瞄准国际生命科学和生物技术发展前沿，以“农业生物资源重要功能基因的筛选利用、重要性状形成的分子机理和新型优良品种的分子设计”为重点研究领域，在“植物基因工程与分子育种、植物代谢工程与生物反应器、特殊微生物资源与酶工程产品、转基因生物安全性评价技术平台”等研究方向系统开展前沿基础和应用基础研究工作，取得一系列重要创新性的研究成果。
　　转抗虫基因三系杂交棉分子育种技术获重大突破，攻克了三系杂交棉恢复系狭窄、抗虫性缺乏、可育性不稳、以及杂种优势不明显等一系列重大难题，率先在世界上实现了杂交棉花的三系配套，研究水平跃居国际领先。
　　转植酸酶基因玉米取得重大突破性进展，获得了高效表达植酸酶的转基因玉米，表达的植酸酶活性完全能够满足饲料生产的需要，是新一代的植酸酶产品，标志着饲料添加剂研究进入第二代环保型产品研制的新阶段。
　　在转基因油菜种子的油体中高水平表达有生物学功能的鲑鱼降钙素蛋白，表达量可以达到种子总蛋白的6.47 %，目标蛋白分离纯化过程明显简化，整体水平国际领先，为今后利用植物生物反应器大规模生产降钙素等医用蛋白提供了技术平台。
　　转Xa21基因抗病水稻已完成安全性评价，平均增产6.8-10.8%、抗病性稳定、品质达2级优质米标准。转基因水稻的一旦应用将是继杂交水稻后中国对人类的又一重大贡献。
　　分离了一批具有自主知识产权的高抗草甘膦EPSP合酶基因和N-乙酰转移酶基因，已获得抗草甘膦转基因油菜、玉米、小麦和棉花，其中棉花和油菜已进入中间实验。抗草甘膦基因工程将推动继抗虫棉之后我国又一大转基因作物新产业的培育和发展。
　　创建了国内最大的水稻T-DNA标签突变体库（10万份），获得了重要农艺性状的突变体5000余份、插入位点侧翼序列5000余条，克隆了一批包括抗逆基因、早熟基因、矮秆基因、光合作用相关等重要功能基因。
　　筛选分离到一种高效、稳定、广谱的新型乳糖酶及其基因, 并成功地实现了高效表达，革新了乳糖酶传统的生产方法和工艺，开创了乳糖酶廉价生产的新道路。乳糖酶廉价生产技术的开发对于推动“国家奶业振兴计划”、开辟食品深加工新领域具有重要的技术示范作用。
　　筛选出了能够降解多种有机磷农药的细菌，构建了高效表达有机磷降解酶的工程菌株，建立了有机磷降解酶的稳定发酵生产工艺，在我国食品安全和生态环境保护中具有重要的应用前景。
　　开发了转基因作物复合PCR检测试剂盒，研制了联检EPSPS和BT蛋白的免疫检测试剂盒，完成了大豆及其加工高灵敏度转基因产品DNA检测技术。农业转基因生物及产品的安全性评价研究为我国转基因产业的健康发展提供了重要的技术支持。
　　20年来，该所共申请国家发明专利77项，已获专利授权14项，其中转基因抗虫棉核心技术“编码杀虫蛋白质融合基因和表达载体及其应用”获世界知识产权组织和国家知识产权局颁发的中国专利金奖。“两种编码杀虫蛋白质基因和双价融合表达载体及其应用”获中国专利优秀奖。
　　截止2006年10月，该所已转让发明专利7项，转让费总金额为4235万元，平均每个专利的转让费为605万元。以转让的发明专利为核心技术而组建的公司有6家，注册资金超过1亿元，总资产超过2亿元。特别是“编码杀虫蛋白质融合基因和表达载体及其应用”发明专利使我国成为世界上第二个拥有抗虫基因知识产权的国家。
　　利用“编码杀虫蛋白质融合基因和表达载体及其应用”发明专利和“两种编码杀虫蛋白质基因和双价融合表达载体及其应用”发明专利，我国已培育出64种适应不同棉区需要的转基因抗虫棉品种。2006年，国产转基因抗虫棉的种植面积已占全国抗虫棉种植面积的75%，已完全打破国外抗虫棉种子的垄断。
　　目前，河北、山东、河南、安徽等棉花主产省的国产转基因抗虫棉种植率达到100%。1999-2006年间，全国累计推广国产转基因抗虫棉1.56亿亩，为国家和棉农增收节支近400亿元人民币。转基因抗虫棉的产业化缩短了我国农业生物技术与国际先进水平的技术差距，提升了我国农业科技实力的国际地位。